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France Génomique

Infrastructure nationale de génomique et de bioinformatique associée regroupant les plateformes de séquençage de pointe pour l’étude du génome, de l’épigénome, du transcriptome et du métagénome. 

Site de l'INBS

France Génomique

Infrastructure nationale de génomique et de bioinformatique associée regroupant les plateformes de séquençage de pointe pour l’étude du génome, de l’épigénome, du transcriptome et du métagénome. 

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France Génomique

France Génomique a pour mission la coordination et l’animation d’un réseau de plateformes de pointe en génomique, disposant des expertises et des instruments les plus performants, pour accompagner la communauté scientifique publique et privée dans la réalisation de ses projets de génomique, épigénomique, transcriptomique et métagénomique. Outre la production de données, France Génomique propose aussi leur traitement bioinformatique, en direct ou en collaboration avec les plateformes de l’Institut français de bioinformatique (IFB).

Dans un domaine technologique qui évolue très vite, France Génomique cherche à optimiser et maintenir au plus haut niveau le parc instrumental et l’expertise technologique et méthodologique associée. Il coordonne la veille, la réalisation des développements et la diffusion de l’expertise au sein des plateformes et de la communauté scientifique, par exemple au travers d’actions de formation, de workshops ou de colloques. 

Depuis la révision de son périmètre en 2020-2021, France Génomique est constituée d'un noyau central de 13 plateformes qui constituent le cœur de l'infrastructure nationale. Autour de ce noyau, le réseau rassemble 8 plateformes de séquençage associées et 13 plateformes de bioinformatique associées. Celles-ci bénéficient de la veille technologique et sont invitées aux workshops et assemblées générales de France Génomique pour partager sur les développements technologiques réalisés. France Génomique bénéficie d'une infrastructure informatique centrale située au Centre de calcul recherche et technologie (CCRT) à Bruyères-le-Châtel et utilise également les ressources de plusieurs mésocentres, notamment celles mises à disposition par les plateformes de l’IFB.

Comment soumettre un projet ?

Il existe deux possibilités pour soumettre un projet à France Génomique. Dans le cas où vous avez déjà identifié la plateforme avec laquelle vous souhaitez travailler, vous pouvez la contacter directement. Dans le cas inverse, vous pouvez soumettre votre projet sur le site web de l’infrastructure, en présélectionnant, si vous le souhaitez, un ou plusieurs sites de France Génomique. Tous les projets sont considérés et les demandes sont toujours redirigées vers la plateforme la plus à même d’y répondre.

Si besoin, vous pouvez également contacter l’infrastructure en envoyant un mail à l’adresse contact@france-genomique.org. Pour la plupart des projets, un financement par le porteur de projet est nécessaire. L’ensemble des quelques 200 expertises offertes par France Génomique sont par ailleurs décrites sur son site internet.  

Plateformes de l’INBS

11 plateformes identifiées


Biomics

 Paris, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


Génome et transcriptome (GeT)

 Castanet-Tolosan, Génomique, transcriptomique


GenomEast

 Illkirch, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


GenomiqueENS

 Paris, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


Gentyane

 Clermont-Ferrand, Génomique, transcriptomique


ICGex-NGS

 Paris, Génomique, transcriptomique


LIGAN-PM

 Lille Cedex, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


Montpellier GenomiX (MGX)

 Montpellier, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


Plateforme de séquençage de l’I2BC (PSI2BC)

 Gif-sur-Yvette, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


Transcriptomique et génomique Marseille Luminy (TGML)

 Marseille, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique


UCAGenomiX

 Valbonne Sophia Antipolis, Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique

Contact

France Génomique
CEA, Genoscope
2 rue Gaston Crémieux, CP5706
91057 Evry Cedex
Région : Île-de-France+33 (0)1 60 87 84 52
contact@france-genomique.org
Site de l'INBS

France Génomique

 

THÉMATIQUES : Bioinformatique, bases de données, Génomique, transcriptomique

COORDINATEURS :
Patrick Wincker, Denis Milan

RÉFÉRENTS COMMUNICATION :
Aude Perdereau

TUTELLES : Aix-Marseille université, CEA, CNRS, ENS Ulm, INRAE, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Université de Strasbourg, Université de Lille

MOTS CLÉS : Séquençage, Génomique, Transcriptomique, Cellule unique, Métagénomique, Polymorphisme, SNP, Méthylation, Régulation, Expression tissulaire, Variants structuraux, Amplicon, Assemblage de génomes, Conformation 3D, Transcriptomique spatiale, NGS

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+33 (0)1 42 75 91 55
secretariat@ibisa.net

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